Buenas, no sé si a muchos os habrá pasado, a mi si, y resulta que tenía Skype 6.0 y tenía el icono en el System-Tray de Windows 7,
Pues al actualizar a la versión 6.3 por razones X desaparece.
Aquí os muestro la opción que debéis marcar para que eso vuelva a como estaba antes.
Solamente debéis reiniciar skype y volveréis a tener vuestro icono en el system tray.
Saludos y espero que os sirva.